Am 6. November 1836 fassten drei junge Studenten der Friedrichs-Universität Halle, namentlich Ruge, Reitzenstein und Hildebrand, die Idee, mit gleichgesinnten Kommilitonen ein Corps zu stiften. Angelehnt an den Staat Preußen, dessen Tugenden sie achteten und in dessen Territorien die Hallenser Universität beheimatet war, beschlossen sie, dass ihr Corps Borussia heißen sollte. Zur Feier des Tages ritt Reitzenstein daraufhin zu seinem Gut, erlegte ein Reh und man zelebrierte die Konstitution im Gasthof „Drei Schwäne“ bei einem feierlichen Rehessen. Durch gute Kontakte zu den Lehrenden der Universität und durch ihr schneidiges Auftreten, genossen die Preußen ein hohes Ansehen unter den Hallenser Studenten. Die Angehörigen des Corps erhielten wenige Jahre nach der Stiftung eine Einladung, den preußischen König in Berlin zu besuchen.

Im November 1887 konnte Borussia ihr erstes Corpshaus erwerben. Das Leben darin war aufgrund steigender Mitgliederzahlen rasch ziemlich beengt, und da mit der Zeit das Corps auch an Finanzkraft gewann, wurde der Bau eines neuen Corpshauses beschlossen. Dies wurde in der Burgstrasse 41 errichtet und am 3. August 1906, anlässlich der Feierlichkeiten des 70jährigen Stiftungsfestes, eingeweiht. Auch nach dem Ausbruch des Ersten Weltkrieges blieb Borussia dort bestehen, und selbst die Universität setzte in den Kriegsjahren ihren Lehrbetrieb fort. Nach dem Krieg nahmen die heimgekehrten Soldaten ihr Studium wieder auf. 

Borussia ist, zusammen mit Suevia München, eines der zwei im Kösener verbliebenen Corps, die sich entgegen der Forderung des nationalsozialistischen Regimes weigerten, „nichtarisch versippte“ Corpsbrüder aus der Gemeinschaft auszuschließen. Das Corps zog es vor, sich daraufhin am 12. Juni 1934 auflösen, weil es mit seinen selbstgesetzten Prinzipien der Toleranz und des freien Denkens nicht vereinbar war, Corpsbrüdern die geschworene Treue zu brechen. Auch alle anderen Corps, die dem Druck der Nazionalsozialisten nachgaben, mussten wenig später ebenfalls suspendieren. Die jüdischen Corpsbrüder, denen Borussia die Treue hielt, vermachten uns aus Dankbarkeit und in Anbetracht ihrer erzwungenen Immigration Möbelgarnituren, welche noch heute Borussias Corpshaus zieren und eines der wohl andächtigsten Stücke greifbarer Geschichte darstellen, welche uns erhalten geblieben ist.